袁崇焕的所为很快的便是传到了京师紫禁城，此时朱由校正在和孙承宗和徐光启还有熊廷弼三人在左顺门中商议着官制改革的事宜。
"皇上，微臣觉得这内阁应该还是唤着内阁！"孙承宗脸无表情的说道。
徐光启接着孙承宗的话说道："不对，既然要官制改革，自然要有些变化，这内阁从太祖开始便是不断发展变化的，如今为何还要死守这一名称！依微臣的意见，还是改为总理衙门好了！"
朱由校看着孙承宗和徐光启总是为着这么些小事争论不休，有些头痛，便是对着熊廷弼问道："熊爱卿觉得呢？"
熊廷弼进京有些时间了，对朝廷的各种关系都是有了了解，对于孙承宗和徐光启之间的矛盾，熊廷弼是不愿意参与的。
"皇上，这些是官制改革的细枝末节，不是今日辩论的重点，似乎无须这般争论吧！"
熊廷弼这话一说，倒是让孙承宗和徐光启停住了嘴。
"这些还是朕来决定，你们就不用争论了，朕要知道这官制改革到底什么时候能够完成啊！这时间一日一日过去，但是朕看你们的进展实在是..."朱由校现在已经有些怀疑孙承宗等人在给自己使绊子，故意拖延时间。
孙承宗这时看了看熊廷弼，心想看你如何处理，而熊廷弼显然早有准备。
"皇上，这官制改革进展虽然慢些，但是却没有什么困难，只是工作量比预想的大了很多，如果重新构思一套行政系统的话，这样整个改革的成本太高，所以微臣一直在仔细研读皇上给微臣的提纲，微臣觉得皇上的很多看法不切实际！"
朱由校倒是有些着急，那可是自己辛苦工作的结晶，自己苦心钻研了半月，还花了三四个月的时间来修改，才是提出了那么一份提纲，现在倒被人说不切实际，不由的有些恼怒的问道："有什么不切实际，你说来听听！朕倒要看看你能说出什么来！"
熊廷弼还是不温不火的回道："像皇上所说的要成立立法院，微臣便是觉得不实际，立法院的院士由百姓层层选出，这样最后选出的还不是各地的大儒、乡绅，这些人去修改大明律法就更是不切实际了，怎么能期望这些人去修改大明律法这种祖宗留下来的东西呢，这些人懂么？"
朱由校自然知道明朝人的素质还没有到能够实行民主的地步，而且朱由校也没有实行那些虚伪的民主的意思，开玩笑，皇权这个东西有时候你会觉得厌烦，但是真的要你放弃，那可是根本不可能的事情。而朱由校搞上这个立法院的目的不过是淡化都察院的权利。
"那爱卿以为应该如何？"熊廷弼也算是自己人，朱由校没有必要为了熊廷弼的一句话生气，而且熊廷弼这种人浸淫官场几十年，自然有他的独到之处。
"微臣的意思是，这个要有，但是不能是现在，至少第一次官制改革的时候不能有！"
朱由校的计划是预计三次大的改革搞定，每次都有各自改革的重点，第一次重点清理内阁六部，第二次重点是大理寺和都察院这种衙门，最后一次便是完全完成。
朱由校这时候拿起一份折子，稍微看了看说道："那爱卿的意思是去处这个立法院，然后把六部各自拆分，再新设一些衙门，如果仅仅这般的话，便是没什么改变了！"
熊廷弼这时候却是从衣袖中拿出一个纸片，开始念道："皇上，首先内阁要变成常设机构，设立官署，大学士品级一品，负责提供决策以供皇上参考，草诏，票拟和批答，通政司合并至内阁，内阁便有了收发本章的权利，然后内阁还要保存皇上的印章，这样司礼监便可以撤除！而皇上所说的立法院的立法功能也划归内阁..."
朱由校越听越是觉得不对劲，怎么越听越是赶紧像是国务院似的，这样一来自己这个皇帝到底干什么去了，不行，这可是明摆着削弱自己的君权，要是刚刚登基那会自己还会有君主立宪制的想法，可是过了一年多的帝王生活之后，朱由校已经舍不得这世人羡慕的皇权。
"在这奏折里，六部的改革朕没什么异议，爱卿的提案仅仅比朕少增设几个衙门而已，那些都可以放置以后再说，可是内阁似乎不大合适！还要回去再议！"
孙承宗可不是熊廷弼，熊廷弼和朱由校接触的时间断，对朱由校根本就不了解，但是孙承宗可不一样，孙承宗可是朱由校登基以后第一个信任之人，因此朱由校的那些奇异东西孙承宗见识了许多，如今熊廷弼把朱由校的想法改的乱七八糟的...
"皇上，这些微臣也是觉得不妥，还要回去再商议商议，反正距离皇上给定的时间还有半月，这些微臣和熊廷弼一定会商议好的！"
这时候李进忠在门外晃了晃，见到里面气氛有些不对，便是慑手慑脚的走了进来，径直到了朱由校旁边，放下手中的奏折，轻声说道："皇上，这是锦衣卫张玉庭的奏折！"
朱由校接过李进忠手中的奏折，认真的看了一遍，然后笑着说道："这袁崇焕还是有些意思，临阵还能作出这么多花样了，不过倒是有些期待！"
众人都是一阵纳闷，前些日子朱由校一直记挂着闻香教的事情，每日都是拉着脸，这几日怎地突然高兴起来了。
"这袁崇焕竟然因为京营的士兵在当地欺压百姓，将二十几个千把总打了四十军棍，还将一百多个百户抓进了大牢，估计过上几个时辰内阁便能够收到袁崇焕的奏折吧！这样雷厉风行的性格，朕很欣赏，大明就是缺了这么有血性的官员！"
众人都是一阵哗然，这袁崇焕可是太过大胆了，这京营的千总那个不是后台极硬，这回袁崇焕得罪的人可不是一个两个，估计大半个朝廷的官员都是让袁崇焕给得罪了。
袁崇焕算是孙承宗的门生，此刻见到袁崇焕做了这般的事情，便是试探着问道："皇上，如今前线交战，袁崇焕这般做不是自损士气么？"
朱由校心知孙承宗关注袁崇焕，可是自己比他还关注呢，这回的事情还不是自己逼出来的，要不是自己让张玉庭一直给袁崇焕暗示，那袁崇焕那里敢做这般惊天动地的大事，于是笑着说道："朕倒是看不出来，要是部队需要抢掠自己百姓来激发士气，那这种部队朕还要它作什么？说到这里，徐爱卿，等这闻香妖教剿灭之后，还有辽东的奴酋的问题处理干净之后便立刻进行兵制改革！看着京营的纪律，朕才能想到为什么我大明的军队为什么以前接连败与后金手中！"
徐光启这时忙是回道："皇上，兵制改革的事情已经准备的差不多了，像广东，江西这些比较安稳的地方已经开始推行新兵制了！所以的军队改革在三个月内完成一半，剩下的一半在一年内完成！"
朱由校听完点点头，然后说道："兵部的尚书崔景荣朕也罢免了，如今爱卿你可没有什么借口了，好好的办好这个差事！那熊爱卿，你接着说！"
熊廷弼被朱由校这么一打岔，加上又被朱由校否决了改革内阁的决议，不由的一阵气馁。
"皇上恕罪，微臣最大的分歧便是内阁了，如果这个皇上不同意，那微臣便觉得其他没什么好说的了！"熊廷弼就像是茅坑里的石头，又臭又硬。
朱由校也是无奈，溜须拍马的官员没什么实力，自己不喜欢，但是能言善柬的官员又是太过刚硬，也让自己不爽。像内阁的五个大学士，除了孙承宗和徐光启又有实力脾气又好，但是两人之间又是矛盾不断，剩下的韩纩和刘一燝属于实力不强型，而熊廷弼便是脾气不好的，反正五个人没有一个让朱由校舒心的！
朱由校知道今日估计又是白搭，白白浪费了一个上午的时间，便是没好气的说道："好了，都回内阁去好了，安心把自己的本职工作做好，至少在内阁改制之前要给朕好好做！"
孙承宗等人虽然心中有很多事情要说，但是现在朱由校显然不想议事，也只好行礼离开！
......
杨肇基本来以为自己拖延拖延时间可以为难为难袁崇焕，但是事实完全不是这样，六七万大军中能够听杨肇基等人的有几个，这些墙头草便是这样，给点颜色便是老实了，袁崇焕的严酷执法虽然没有将这些兵痞的根性改变，但是却让这些兵痞老实了下来。
袁崇焕的三日之期当然没有办法实现，杨肇基等人不是随便吓唬吓唬便能解决的，但是就在这时候，朱由校竟然快马给袁崇焕送来了尚方剑，这样一场闹剧便是以一场悲剧收场，袁崇焕手中有了尚方剑，这邹县、峄县两地怎么会是火铳大炮的明军的对手。
大明天启元年十月六日，明军攻陷邹县，是役，明军阵亡八百余人，伤二千多人，而徐鸿儒的闻香教叛军伤亡上万人，徐鸿儒被生擒！
徐鸿儒的暴乱没有伤及大明这个腐朽落后的封建皇朝的根基，在朱由校的亲自指挥下，虽然数万无辜百姓被殃及，但是这次残酷的镇压无疑给朱由校赢取了很多改革的时间。（未完待续）