毛钰当然想过被南京拒之门外，但是当毛承福被拒绝之后，南京城内的情报人员将城墙上发生的一幕告诉毛钰的时候，毛钰笑了。
他没有气急败坏，也没有在城墙外跟冯铨等人理论。而是下令毛承福全军登船回程。两个时辰以后，在南京城数以万计百姓目瞪口呆中，毛钰一个军两万多人走得干干净净，态度之绝决速度之快出乎所有人的预料。当然很多聪明人马上就意识到了不对，毛钰走了谁来抵挡城外的农民军？
幸好还有战舰在，但是很快他们就悲哀地发现长江上的大小战舰正顺溜而下，然后消失在南京人的视野中！
毛钰当然不会在南京城外抵御农民军，开玩笑，自己如果不是为了控制南京，派遣这么多的军队来干什么的？而且他的军队多是步兵。没有任何的防御工事，李自成在南京城外至少集结了七八万人，双方一旦开战，己方的损失可想而知。关键是南京城内没有他值得留下的人，仇人倒是一大把。而冯铨等人不但没有开门，甚至也没有要支付军饷和粮草的意思，那他就只能对不起江南百姓了。
当然毛钰也不是直接回到杭州，而是让毛承福在苏州登陆，将苏州几个县城的防御交给了他。和南京城内那些白痴不同的是，这几天遭遇了洗劫的苏州人心惶惶，听闻毛钰来了，纷纷是出城迎接军队。他们离得近，知道毛钰的军队在杭嘉湖和松江府的所作所为，而且毛钰真正做到了不让农民军入境！如果他们能做主，即刻起他们就打算加入毛钰麾下。不过现在很多人都得到了消息知道毛钰是江南总督，所以他们迎接毛钰的军队也是理直气壮。
对此毛钰对毛承福的要求也是配合尚可义三天内肃清苏州境内的农民军。毛钰这么做也是为了收拾人心，朱由检这一招其实也是在赌博，赌毛钰不敢得罪江南百姓，给你一个名不副实的江南总督，你就得老老实实地位朝廷卖命，将流寇消灭。
南京城内的冯铨也是这样打算的。他知道毛钰的野心，也知道毛钰对江南垂涎三尺。但是他并不知道毛钰并不是这个时代的那一套教育出来的迂腐儒生，而是实实在在的一位枭雄！
南京城外徘徊的李自成看到毛钰突然撤走也是诧异。不过当派出去跟踪的人发现长江上的战舰真的走了之后他们又开始筹划攻城。由于毛承福在苏州的挤压，加上孔有德在湖州的寸步不让。李自成也大概知道了毛钰的底线，既使和朝廷彻底闹翻，他也不会让自己进入浙江的。于是他召回刘宗敏和李过。准备集中兵力攻城。
张献忠由于跑得快在当日毛钰战舰炮轰当中损失最小，但是他依然坚持不过江，只是让留在南京附近的军队听从李自成的指挥，希望攻下南京城的时候也能分一杯羹。
罗汝才是最尴尬的，他的过将队伍有一万人在南京的正北门守住了渡口，结果被毛钰的战舰一顿轰击，伤亡大半，剩下的一万多人在苏州等地劫掠，也是很快被撵了出来，而且伤亡了两千多人。如今渡江的船只需要重新收集，所以他也只能暂时留下来跟着李自成攻打南京。
三支军队来的时候十九万人，被毛钰的战舰一顿炮轰损失了将近两万，在江南劫掠，基本上没什么损失，遇到拿不下的县城就绕道。但是被毛钰的陆军阻击损失了将近五千。
现在还有十六万多人，但是张献忠带着三万主力徘徊的长江对岸。还有三万多没来记得渡江，围攻南京城的是十万人！
南京城城高池深，守军两万，这也是冯铨等人有底气不让毛钰进城的原因。
但是他们显然小看了李自成，有攻陷洛阳、襄阳会战、朱仙镇会战等经验，李自成并不急于盲目工攻城，而是从附近的村镇手机木材打造攻城器械，同时每天派出几万人在四门吆喝，散布谣言……
其实不用李自成如此多花招，在南京百姓看到毛钰离开的那一刻城内的紧张气氛就陡然增加。
最关键的是农民军围而不攻，但百姓不能出城，城外的大量农作物进不来。物价自然应声而涨！
毛钰离开的第五团，南京城终于迎来了农民军的攻城，在李自成、罗汝才的率领下，十万人分散在三个城门外，三门同时攻城，李自成亲自指挥南门，李自成麾下大将刘宗敏负责北门，罗汝才负责东门，李过则带了五千人看住了江北。
牛金星也是个人才，他给李自成出了一个主意，四万人被分成十几组，由大小头领率领，分批次轮番攻城，日夜不停！牛金星则没任命为升城督带着李自成的五百亲卫督战！
李自成的队伍装备不好，但架不住人多，十波人每组半个时辰甚至更短，攻不下来就退下来换上一波。这样虽然第一天伤亡很大，但是到了第三天开始，城内的守军就疲软了。
而罗汝才和刘宗敏也学习了李自成的做法啊，虽然每次攻城的人数只有三千，但城内的守军二十四小时都要被迫和农民军战斗。而农民军一天只需要攻城一两次，算是精神饱满体力充沛。
此消彼长之下，双方的战斗力就基本上拉平，甚至农民军这一方还占据了优势，从第四天开始，早上第二三组人就能有几百人攻城城墙，虽然最后也被杀退，但是守军付出的代价基本上就是一对二！随着战斗的进行，徐鸿基有点扛不住了。因为李自成看到了守军的疲惫，干脆挑灯夜战，而且晚上往往派遣精力充分战斗力强悍的精锐上场！
两万守军以每天一两千的速度在消耗掉。虽然农民军的损失更大，但是李自成又找到了不少船只将对岸的部分军队运过来，只剩剩下了张献忠的三万人负责守住退路。